发明专利申请实质审查，是授权前的全面审查，因而涉及的问题及相应的法律条款较多。但是，这并非意味着出现任何一个不符合某专利法条款的问题都必须驳回专利申请，作为驳回理由的法条是法定的。
《专利法实施细则》第五十三条规定：“依照专利法第三十八条的规定，发明专利申请经实质审查应当予以驳回的情形是指：（一）申请属于专利法第五条、第二十五条规定的情形，或者依照专利法第九条规定不能取得专利权的；（二）申请不符合专利法第二条第二款、第二十条第一款、第二十二条、第二十六条第三款、第四款、第五款、第三十一条第一款或者本细则第二十条第二款规定的；（三）申请的修改不符合专利法第三十三条规定，或者分案的申请不符合本细则第四十三条第一款的规定的。”
因此，上述条款在实质审查程序中是法定的必审条款，本节仅对其中部分内容进行说明如下。
（一）申请文件的审查
有关申请文件的审查，涉及四个重要法条。
1.申请文件修改是否超范围
虽然申请人在提交申请文件后，有法定的允许主动修改的机会，包括修改分案的机会，但是修改范围有法定的限制。《专利法》第三十三条规定：“申请人可以对其专利申请文件进行修改，但是，对发明和实用新型专利申请文件的修改不得超出原说明书和权利要求书记载的范围，对外观设计专利申请文件的修改不得超出原图片或者照片表示的范围。”因此，在实质审查时，需要审查申请文件是否修改过，修改是否超出原说明书和权利要求书记载的范围。
2.权利要求是否清楚以及是否得到说明书支持
根据《专利法》第二十六条第四款：“权利要求书应当以说明书为依据，清楚、简要地限定要求专利保护的范围。”这里包含两个实质性要求。
一是权利要求须清楚地限定专利保护的范围。由于专利保护范围大小取决于权利要求，因此，如果权利要求表达不清楚，在实质审查时就会缺乏明确的审查基础，而一旦授权，在出现侵权纠纷时，缺乏清楚的比较基础。
二是权利要求保护范围不能过大。衡量的标准是说明书公开的内容，如说明书仅仅公开了一个特定的技术方案，而权利要求限定的是一个概括的方案，其中包括了本领域技术人员根据说明书不能联想到的方案，则这样的权利要求得不到说明书的支持，或者说没有以说明书为依据。
与之相关的还有另外一个条款，即《专利法实施细则》第二十条第二款：“独立权利要求应当从整体上反映发明或者实用新型的技术方案，记载解决技术问题的必要技术特征。”应当说，不符合该条款的权利要求是权利要求未得到说明书支持的特定情形。其特定性在于，该条款针对的是独立权利要求，而权利要求包括独立权利要求和从属权利要求。如果一项独立权利要求没有包含说明书中描述的要解决技术问题所必要的特征，显然这样概括的范围与其发明贡献不相匹配，即没有以说明书为依据。
3.说明书是否充分公开
与之相关的法律条款是《专利法》第二十六条第三款：“说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的技术要点。”
在理解该条款时，需要注意两点。一是这里所说的“对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明”，是指针对权利要求限定的方案而言。比如，说明书描述了一种新型汽车的发动机和离合器，但是权利要求中仅要求保护发动机的技术方案，在此情况下，即便离合器的描述不清楚、不完整，也不能据此认定专利申请说明书不符合《专利法》第二十六条第三款。二是“清楚、完整”与“所属技术领域的技术人员能够实现”不是相互独立的要求，后者是衡量是否“清楚、完整”的标准。
4.遗传资源是否说明来源
在发明的完成需要依赖遗传资源的情形下，申请人应当在专利申请文件中说明该遗传资源的直接来源和原始来源，申请人无法说明原始来源的，应当陈述理由。
